1992 m. lapkritį zoologijos sodas buvo priimtas į Europos Zoologijos sodų ir akvariumų asociaciją (EAZA), o gruodžio 22 d. Latvijos Respublikos Aukščiausioji taryba priėmė nutarimą suteikti Rygos Zoologijos sodui Nacionalinio zoologijos sodo statusą.
1993 m. liepą įkurta Zoologijos sodo kiangų maitinimo ir veisimo užmiesčio bazė „Cīruli”.1997 m. savarankišku skyriumi tapo Insektariumas.
Zoologijos sode veikia keliaujanti paroda „Mažieji milžinai" – judrios lėlės vaizduoja daug kartų padidintus vabzdžius.Parodoje yra ir gyvų eksponatų bei pažintinių žaidimų.
1998 m. lapkričio 13 d. atidaryti WHISKAS Tigrų namai – plačiausias ir moderniausias tokios rūšies statinys Europoje, pirmasis nuo XX a. 4-ojo dešimtmečio už firmų ir privačių aukotojų lėšas pastatytas statinys.Pagrindiniai finansuotojai – Latvijos Aplinkos apsaugos fondas ir firma „MasterFoods“.1999 m. gegužės 15 d. atidaryta Kaimo sodyba, kurioje galima susipažinti su Latvijai būdingais naminiais gyvūnais.
2001 m. gegužės 25 d. duris lankytojams atvėrė Rygos Zoologijos sodo Tropikų namai su 80 rūšių gyvūnais.Juose yra varliagyvių, roplių, bestuburių (vabzdžių, skorpionų, voragyvių ir kt.)ir naktinių gyvūnų ekspozicijos.Tai pirmoji didelė aplinkos ekspozicija Rygos Zoologijos sode.Ypatingo dėmesio susilaukia lapakarpių skruzdėlių ekspozicija.
