Обычно истоки церкви связывают с капеллой замка Альберта, которая впервые упомянута в летописях в 1209 году, и которая по правилам того времени должна была находиться в восточном крыле второго этажа строения.
8 сентября 1234 года епископ Николай, выполняя просьбу папского легата Вильгельма Моденского, передает «каменный замок с прилагающимися землями у Ридзини» в распоряжение доминиканских монахов, основав миссию этого ордена в Риге. Это орден нищенствующих монахов или монахов-проповедников, которые по правилам Римского генерального капитула 1222 года не имели права ничем владеть, за исключением здания монастыря и церкви, и только в 1425 году папа доминиканцам разрешает им получать недвижимое имущество и надежные источники доходов.
В 1234 году капеллу замка нарекают церковью Св. Иоанна, по древней традиции посветив ее Иоанну Крестителю и Иоанну Евангелисту. Это событие подтверждает гипотезу, что капелла замка епископа Альберта является истоком церкви Св. Иоанна.
Первая церковь Св. Иоанна возведена в период между 1234 г. и 1297 г. Скорее всего, это была «темная и неудобная церковь» без колокольни и поперечного нефа, однако о форме, месте и размерах предшественницы сегодняшней церкви Св. Иоанна мы можем только гадать, поскольку она была многократно перестроена и уже давно потеряла характерные для начала XIII столетия резкие и грубые архитектурные формы.
Также открытым остается вопрос о том, была ли в действительности первая церковь Св. Иоанна расширенной капеллой замка епископа Альберта, поскольку ее расположение в юго-западном крыле замка и скромные денежные средства доминиканцев являются только возможными условиями деятельности монахов, а не документально подтвержденными фактами.
