1992. aasta novembris võeti loomaaed vastu Euroopa Loomaaedade ja Akvaariumite Assotsiatsiooni (EAZA). Sama aasta 22. detsembril otsustas Läti Vabariigi Ülemnõukogu anda Riia loomaaiale rahvusliku loomaaia staatuse.
1993. aasta juulis asutati loomaaia äärelinnaharu „Cīruļi”eesmärgiga majutada ja paljundada kiange e tiibeti eeslikke. 1997. aastal sai iseseisvaks allasutuseks insektaarium.
Loomaaias võib näha rändnäitust „Mazie Milži” – liikuvad nukud kujutavad mitmekordselt suurendatud putukaid. Näitusel on ka eluseksponaate ja harivaid mänge.
1998. aasta 13. novembril avati WHISKASi Tiigrite maja – moodsaim ja avaraim sellist tüüpi hoone Euroopas, esimene ettevõtete ja üksikisikute annetatud raha eest ehitatud hoone pärast 1930. aastaid. Suurimad rahastajad olid Läti Keskkonnakaitse Fond ja firma MasterFoods. 15. mail 1999 avati maatalu, kus saab tundma õppida Lätile iseloomulikke koduloomi.
25. mail avas oma uksed külastajatele Riia loomaaia troopikamaja 80 loomaliigiga. Seal on kahepaiksete, roomajate, selgrootute (putukad, skorpionid, ämblikulaadsed jne) ja ööloomade ekspositsioonid. See on esimene suurem keskkonnaekspositsioon Riia loomaaias. Eraldi väärib äramärkimist lehelõikajate sipelgate ekspositsioon.
