1600-luvun loppupuolella dominikaanien veljeskunta perusti Aglonaan luostarin ja rakensi ensimmäisen puukirkon. Kun vuonna 1699 rakennettu kirkko paloi, sen sijalle rakennettiin vuosina 1768 – 1780 luostarirakennus sekä nykyinen kirkko. Pyhäkön sisustus luotiin 1700 – 1800-luvuilla. Saarnatuoli, urut ja rippituoli puolestaan rakennettiin 1700-luvun loppupuolella.
Kirkossa on laaja taulujen, veistosten ja taideteosten kokoelma, mukaan lukien kuuluisa ikoni ''Aglonan ihmeentekijä Neitsyt Maria”, joka paljastetaan uskonnollisten juhlien aikana. Uskotaan, että tällä taululla on parantavia voimia. Vuonna 1993 Aglonan pyhällä paikalla vieraili Rooman paavi Johannes Paavali II. Tämän vierailun vuoksi tehtiin laajat peruskorjaukset ja kunnostettiin ympäristöä.
