Ende des 17. Jahrhunderts hat der Dominikanerorden in Aglona ein Kloster gegründet und die erste Holzkirche erbaut. Als die 1699 errichtete Kirche niederbrannte, wurden an ihrer Stelle ein Klostergebäude (von 1768 bis 1780) und das jetzige Gotteshaus aus Stein errichtet. Die Innenausstattung entstand im 18./19. Jahrhundert, Ende des 18. Jahrhunderts kamen die Kanzel, der Orgelprospekt, der Beichtstuhl und die Sitzbänke hinzu.
In der Basilika befindet sich eine große Sammlung von Gemälden, Skulpturen und wertvollen Kunstgegenständen, darunter auch das berühmte Heiligenbild “Mutter Gottes, die Wundertäterin von Aglona“. Das Bild wird nur an wichtigen religiösen
Festen gezeigt. Es gibt Menschen, die glauben, dass dieses Gemälde heilende Kräfte besitze. Papst Johannes Paul II besuchte Aglona im Jahre 1993. Zu diesem Anlass wurde die Basilika restauriert und es erfolgten Landschaftsarbeiten.
