XVII a. pabaigoje Dominikonų ordinas Agluonoje įsteigė vienuolyną ir pastatė pirmąją medinę bažnyčią. Kai 1699 m. pastatyta bažnyčia sudegė, jos vietoje 1768-1780 m. buvo pastatytas mūrinis vienuolyno pastatas ir dabartiniai maldos namai. Maldos namų interjero apdaila yra XVIII-XIX a., o sakykla, vargonai, klausykla – XVIII a. pabaigos.
Bažnyčioje saugoma didelė paveikslų, skulptūrų ir meno vertybių kolekcija, kurioje yra ir garsusis Agluonos Stebuklingosios Dievo Motinos šventas paveikslas, atidengiamas tik per religines šventes. Manoma, kad paveikslas turi gydomųjų galių. 1993 m. Agluonos šventovėje lankėsi Romos popiežius Jonas Paulius II. Dėl šio vizito buvo atlikti dideli maldos namų atnaujinimo darbai, sutvarkyta aplinka.
