Muzejs komplektē krājumu par jūrskolas darbību un Ainažu pilsētas vēsturi, veic tā izpēti un popularizēšanu. Muzejs regulāri organizē pasākumus, kuri gūst plašu rezonansi jūrniecības un ar to saistītās aprindās - ikgadējus Latvijas jūrnieku un zvejnieku salidojumus.
Tā īpašā sajūta, kas pārņem katru, kas atstāj šo mazo, viesmīlīgo muzeju, ir lepnums par latvju tautas slaveno jūrniecības pagātni un par tās stiprajiem un drosmīgajiem jūras braucējiem. Pēc muzeja apmeklējuma dārzā simtgadīgo ozolu sniegtajā ēnā iespējams atpūsties, aplūkot seno enkuru kolekciju.
Pašlaik muzeja krājumā glabājas vairāk nekā 9000 krājuma vienību. To vidū nozīmīgākās kolekcijas ir Ainažu kartes, plāni, jūrskolnieku diplomi, mācību pieraksti, grāmatas, fotogrāfijas, navigācijas instrumenti, burukuģu būves rīku, jūrnieku sadzīves priekšmeti u.c. Īpaši nozīmīgas ir Ainažu jūrskolnieku bērnu un mazbērnu atmiņas.
